申扎县地处那曲地区那曲镇以西600公里，县城座落在山脚，西边是甲岗雪山，西北可见格仁措。横亘在格仁错县城之间的一片沼泽是申扎黑颈鹤繁殖地自然保护区的一部分，每年春夏都有上百只黑颈鹤在此筑巢栖息。
申扎位于西藏腹地，境内湖泊众多，有“九湖环县”之说，如扎仁错、错鄂鸟岛、鬼湖、色林错等都在其境内。申扎的湿地是藏北高原湿地的主要部分。大片的高原湿地基本上保持了原始状态，完好地保存了许多濒于灭绝地珍稀野生生物物种资源。
湿地主要植被分别由高寒草原、高寒草甸、高寒河滩藻丛，沼泽和水生植被组成；湿地常见鸟类有地中海综头鸥、班头鹰、赤麻鸭、黑颈鹤等。
申扎自然保护区生活的鸟类达120多种，其中国家保护的一、二级鸟类有29种，如黑颈鹤、黄鸭、天鹅等。每年7～8月间不计其数的鸟类在这里翩翩起舞，景象异常壮观。
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